Het belang van oppervlaktewater voor biodiversiteit en ecosysteemdiensten is buitenproportioneel. Met onderzoek naar verbanden tussen de watergebonden levensgemeenschap, abiotisch milieu en menselijke invloeden, de ecologie van individuele soorten, veranderingen doorheen de tijd en referentiebeelden, geeft het team Zoetwaterhabitats mee vorm aan gedifferentieerde doelstellingen, kwaliteitsbeoordeling, rapportering, herstel- en beheerpraktijk voor stilstaande en stromende wateren in Vlaanderen. Hierbij ligt de focus op betekenisvolle maar wat minder toegankelijke biota (waterplanten incl. kranswieren, diatomeeën, bepaalde ongewervelden, ...) en gaat er veel aandacht naar Europees beschermde natuur. Het team zorgt ook voor een up to date digitaal referentiebestand van alle stilstaande wateren in Vlaanderen, een essentiële basis voor het databeheer terzake.