Het team Soortendiversiteit onderzoekt de toestand en trends van populaties van soorten in een regionale (Vlaanderen), nationale (België) en internationale context in functie van het behoud en beheer van de biodiversiteit. Hiervoor brengt ze de biotische en abiotische habitatvereisten van soorten, interacties tussen soorten, en de impact van antropogene activiteiten op soorten in kaart om zo de waargenomen trends te kunnen verklaren. Voorbeelden van dergelijke methoden zijn: bepaling van potentiële leefgebieden, soortenmeetnetten, monitoringsprotocollen, Rode lijsten, en criteria en indicatoren voor de bepaling van de lokale staat van instandhouding van soorten. Daarnaast ontwikkelt het team methoden waarmee ecologisch, verspreidings- en trendonderzoek geoptimaliseerd kan worden. Verder beheert het team een aantal significante en omvangrijke soortendatabanken (o.a. Florabank, Vlinderdatabank, Watervogeltellingen, meetnetten.be, Broedvogeldatabank  incl. Algemene Broedvogels, Bijzondere Broedvogels, Watervogeltellingen ). Om deze doelen te verwezenlijken, werkt het OT samen in een netwerk van INBO-collega’s en andere binnen- en buitenlandse experten.