Claude Belpaire is onderzoeker in het team Monitoring en Herstel Aquatische Fauna (MHAF). Hij startte zijn wetenschappelijke loopbaan als bioloog aan de KU Leuven, waar hij mee bouwde aan het Laboratorium voor Ecologie en Aquacultuur in het Zoölogisch Instituut. Het laboratorium groeide later uit tot een belangrijke onderzoekseenheid inzake aquatische ecologie. Zijn onderzoek richtte zich op visteelt en ecologie van zoetwatervissoorten. Hij behaalde een doctoraat in de biologische wetenschappen aan de KU Leuven.

In 1991 begon Claude als onderzoeker aan het Instituut voor Bosbouw en Wildbeheer te Groenendaal, het vroegere meer dan 100 jaar oude Rijksstation voor Bos- en Hydrobiologisch Onderzoek, waar hij een enthousiast team uitbouwt van biologen, technici en groenarbeiders. Samen verrichten zij allerhande beleidsgericht visserijkundig onderzoek in Vlaamse zoetwaterecosystemen, meestal op vraag van lokale tot internationale doelgroepen.

In die periode is Claude voornamelijk actief bij het uittekenen van de contouren van een aantal toekomstige MHAF onderzoekslijnen. Nog vóór de Europese Kaderrichtlijn Water (KRW) van kracht werd, kreeg in Vlaanderen het Meetnet Zoetwatervis vorm en werden er Visindices ontwikkeld die de grondslag legden voor de latere Europese rapportages rond ecologische waterkwaliteit. Hij legt de eerste fundamenten van de Visdatabank, momenteel een essentieel instrument voor het ontsluiten van de Vlaamse visdata. Daarnaast ontwikkelt hij een Vlaams palingpolluentenmeetnet, waarbij de opstapeling van toxische stoffen in paling als bioindicator opgevolgd wordt. Dit principe wordt later op Europese schaal toegepast in een KRW-dochterrichtlijn.

Claude coördineert momenteel verschillende ecologische en ecotoxicologische projecten voor overheidspartners. Zijn onderzoek is vooral gericht op ecologische en ecotoxicologische aspecten van paling, en hij is actief in de internationale adviesorganen voor het palingbeheer.