Wouter Courtens werkt sinds 2003 als ornitholoog in het zeevogelteam van het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO). Dit team bestudeert het voorkomen van zeevogels op zee en de invloed van menselijke activiteiten (zoals windturbines, olieverontreiniging en plastics) en voedselbeschikbaarheid op zeevogelpopulaties. Het onderzoek omvat ook de monitoring van kustbroedvogels (zoals meeuwen en sterns) en van de populatiedynamiek, de voedselecologie en het habitatgebruik van deze soorten. Initieel waren dit hoofdzakelijk Belgische projecten maar ondertussen wordt ook in Nederland veel onderzoek in verricht. Verder heeft Wouter een uitgebreide expertise in broedvogelmonitoring met o.a. langlopende projecten rond weide-, moeras- en rietvogels.