Het geactualiseerd Sigmaplan moet de vallei van de Zeeschelde en haar zijrivieren beschermen tegen overstromingen en de natuurwaarden in de vallei verhogen. Naast het herstel van het estuarium wordt in de valleien ook niet-estuarien wetland-habitat hersteld. Het betreft habitattypes van open moeras, grasland en rivierbegeleidend bos. Deze moeten een belangrijke bijdrage leveren aan de realisatie van de instandhoudingsdoelstellingen voor de Zeeschelde (IHD Schelde-estuarium), de Natura2000-gebiedsdoelen (S-IHD), en voor een aantal vogelsoorten ook aan de gewestelijke instandhoudingsdoelstellingen (G-IHD).
Het INBO volgt de natuurwaarden (abiotiek, vegetatie, vogels, vissen) in de natuurontwikkelings-gebieden op om hun bijdrage aan de staat van instandhouding van habitats en soorten in Vlaanderen te bepalen en om de inrichting en het beheer van de natuurinrichtingsprojecten te optimaliseren.