De algemene doelstelling van een soortenbeschermingsprogramma is het duurzaam voortbestaan van de betrokken soort in Vlaanderen.
Hiermee wordt invulling geven aan de gewestelijke instandhoudingsdoelstellingen (G-IHD) voor deze soort. De regionale staat van instandhouding van de grote modderkruiper wordt momenteel als zeer ongunstig beschouwd. Zowel areaal, populatie als kwaliteit en oppervlakte leefgebied zijn zeer ongunstig. In het ontwerp soortenbeschermingsprogramma voor grote modderkruiper beschrijven we een maatregelenpakket om de nog bestaande populaties veilig te stellen en uit te breiden en zo een eerste stap te zetten voor het duurzaam voortbestaan van deze soort op lange termijn. Er worden ook maatregelen voorgesteld voor het verbeteren van de kwaliteit van het leefgebied en het herstellen van verdwenen populaties in daarvoor geschikte habitats.